Графы хранятся и передаются в виде xml-строк в формате GXL (Graph Exchange Language).

Это стандрартный формат обмена графами, основанный на xml. Он позволяет описывать направленные упорядоченные графы, гиперграфы, иерархические графы. Их элементы (вершины и ребра) могут хранить любые данные в виде атрибутов.

Существуют различные инструменты для конвертирования графов в формате gxl в другие известные форматы (MathML, Graphviz и др.) и обратно.

Также есть инструменты, позволяющие быстро использовать gxl-графы в программах на различных языках программирования. На данный момент существует gxl-api для java и C++.

Подробнее о формате gxl можно узнать на www.gupro.de/GXL.